De vooruitgang van de eenheidsmunt stond op het punt tot iets tastbaars te leiden, namelijk eurobiljetten en -munten. In 1998 gingen toetredingsonderhandelingen met twaalf kandidaat-lidstaten van start — de proloog van een immense uitbreiding. De laatste Europese verkiezingen van de 20e eeuw vonden plaats op een cruciaal moment in de politiek, en de uitkomst ervan zou verreikende gevolgen hebben.
De Europese integratie was al bijna een halve eeuw bezig en de Koude Oorlog was al tien jaar voorbij. De vrede leek dus verzekerd, maar de oorlog in Kosovo — net als de oorlog in Joegoslavië daarvoor — was een wrede herinnering aan de kwetsbaarheid van die vrede. Een robuuster Europees extern beleid leek de manier te zijn om stabiliteit te creëren op het continent. In 2001, tijdens de zittingsperiode van het Parlement, werd het Verdrag van Nice ondertekend. Daarbij werd zowel het Verdrag van Maastricht van 1992 als het Verdrag van Rome van 1957 gewijzigd, deels met de bedoeling om de EU voor te bereiden op de uitbreiding.
De opkomst bij de verkiezingen bedroeg 58 procent. In 1999 werd de Franse politica Nicole Fontaine verkozen tot voorzitter van het Europees Parlement voor de eerste helft van de zittingsperiode. De Ier Pat Cox nam het stokje in 2002 over voor de tweede helft van de termijn. Tijdens deze zittingsperiode kwam de euro in omloop, op 1 januari 2002, en werd een Conventie opgericht voor de opstelling van de Europese Grondwet. Daarnaast werd dit Parlement geconfronteerd met grote uitdagingen voor de rol van de Europese Unie als wereldspeler. Door de aanslagen van 11 september 2001 in New York en Washington kwam de strijd tegen terrorisme hoger op de agenda te staan dan ooit tevoren.
De Amerikaanse invasie van Irak verdeelde de Unie in twee kampen, met enerzijds landen die de kant van de Verenigde Staten kozen en anderzijds landen die kritisch bleven. Sommigen maakten zelfs minachtend onderscheid tussen het “oude Europa” en het “nieuwe Europa”.